Dall'investitura imperiale del 1164 Bagnaria fece parte del marchesato dei Malaspina, ma per secoli mantenne uno statuto che la rendeva qualcosa di più di un feudo. Passata nel Cinquecento ai principi Doria, ottenne di essere riconosciuta ancora come feudo imperiale, cioè esente: una condizione perfino più privilegiata di quella delle giurisdizioni separate dell'Oltrepò, con totale autonomia giudiziaria e fiscale — in pratica uno staterello indipendente. Altrove chi era condannato da un giudice feudale poteva appellarsi alla magistratura dello Stato; qui l'appello si faceva al tribunale del principe Doria. Il trentuno luglio 1656, confermata la sua natura di feudo imperiale, Bagnaria si affrancò formalmente dal ducato di Milano. Ed era così poco assimilabile al resto che, quando i feudi della valle Staffora furono aggregati alle province del ducato, Bagnaria non toccò a Pavia ma a Tortona, e del Tortonese fece parte fino all'Ottocento.
Nel 1630 vi fu istituito un mercato per le merci che arrivavano da Genova — sale, sapone e olio — con agevolazioni sui pedaggi, da pagare con grano del Milanese; il Senato di Milano lo proibì l'anno dopo. Il nome viene dal latino balnearia, che si riferisce a terreni acquitrinosi oppure, secondo alcuni, ad acque termali; fino al 1863 il paese si chiamava Bagnara. Il ramo dei Malaspina che lo aveva tenuto si estinse di colpo all'inizio del Quattrocento, quando tutti i suoi membri furono assassinati nel castello di Olivola, in Lunigiana, e nella dispersione dei beni il feudo fu comprato dai nobili Busseti di Tortona. Più tardi Bagnaria passò ai Savoia, poi alla Francia napoleonica, e infine alla nuova provincia di Pavia, e quindi alla Lombardia. Nel 1929 fu aggregata al comune di Varzi e nel 1946 riacquistò l'autonomia. Fra il 1931 e il 1966 ebbe una stazione ferroviaria tutta sua, sulla linea da Voghera a Varzi.
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