Il patrono di Trani è san Nicola il Pellegrino, festeggiato il 2 giugno: un giovane predicatore greco in viaggio verso Roma, morto a Trani nel 1094 dopo diversi giorni di malattia e alcuni miracoli, e canonizzato subito dopo a furor di popolo. Nel 1099, nel periodo corrispondente alla prima crociata, iniziarono i lavori per la costruzione dell'attuale cattedrale in suo onore: già allora il porto della città aveva grande importanza, e sarebbe diventato in seguito punto di partenza e di ritorno di diverse crociate. Nella cripta trasversale della basilica, posta sotto il transetto, sono custodite per secoli insigni reliquie, fra cui il corpo della martire orientale santa Febronia, di cui si conservano ancora un pregevole reliquiario settecentesco e un dipinto ovale nel museo diocesano.
La città venera anche il crocifisso di Colonna, un antico crocifisso ligneo rubato dal monastero di Santa Maria di Colonna nel 1480 durante un'incursione saracena: mutilato del naso, prese miracolosamente a sanguinare e fu gettato in mare, un evento ancora oggi ricordato con una processione di barche.
