Le saint patron de Trani est saint Nicolas le Pèlerin, fêté le 2 juin : jeune prédicateur grec en route vers Rome, mort à Trani en 1094 après plusieurs jours de maladie et quelques miracles, canonisé aussitôt après par acclamation populaire. En 1099, à l'époque de la première croisade, débutèrent les travaux de construction de l'actuelle cathédrale en son honneur : dès lors, le port de la ville avait une grande importance, et deviendrait plus tard point de départ et de retour de plusieurs croisades. Dans la crypte transversale de la basilique, sous le transept, furent conservées pendant des siècles d'insignes reliques, dont le corps de la martyre orientale sainte Febronia, dont on conserve encore un précieux reliquaire du XVIIIe siècle et une peinture ovale au musée diocésain.
La ville vénère aussi le crucifix de Colonna, un ancien crucifix en bois volé au monastère de Santa Maria di Colonna en 1480 lors d'une incursion sarrasine : le nez mutilé, il se serait miraculeusement mis à saigner et fut jeté à la mer, un événement encore rappelé aujourd'hui par une procession de barques.