Prima dell'Ottocento Palagianello era un comune per conto suo. Lo era in forza delle prammatiche di Ferrante I d'Aragona, come Università, e la prova sta in un elenco: quello delle Università tenute a pagare sette grana per fuoco per mantenere le compagnie dei Cavallari, che perlustravano il litorale, davano l'allarme ai caporali delle torri e correvano ad avvisare gli abitanti minacciati. Per Palagianello la torre di riferimento era Torre Lato, che c'è ancora. A capo della «Magnifica Università di Paligianello» c'era il sindaco con tre eletti, e ogni 14 agosto il sindaco in carica convocava i cittadini a mezzo bandi nella chiesa di San Pietro Apostolo, che era del comune per antico possesso ed era l'unico posto dove ci si riuniva per trattare i pubblici affari: le elezioni si facevano il giorno dopo. Poi le leggi del 1806 abolirono, insieme ai feudi, anche le Università, e i centri sotto i mille abitanti potevano essere aggregati ai vicini: Palagianello divenne frazione di Palagiano, che ne amministrava i proventi dei boschi e dei pascoli e le dava poco in cambio.
Fra fine Ottocento e inizio Novecento il malcontento diventò una richiesta: o passare a Mottola o tornare comune. La proposta fu rinviata volta dopo volta, finché non ci si mise uno di fuori. Davide Lenge, ex seminarista originario di Ginosa e qui scrivano, fece crescere l'interesse dei palagianellesi per la cosa pubblica, e nacquero la Lega dei Contadini e la Cooperativa di Consumo. Il 9 ottobre 1906 il consiglio comunale di Palagiano mise finalmente la questione all'ordine del giorno e la approvò; la legge del 6 giugno 1907 restituì a Palagianello il suo comune. Lo stemma, fissato nel 1913, porta una mucca al pascolo col vitello che poppa, d'argento in campo azzurro, e un motto latino, Medicina Dei, che è quel che significa il nome dell'arcangelo Raffaele. E nella gravina, il 10 maggio 1962, sulla segnalazione di due pastori della famiglia Manisi, è stato trovato il riparo che porta il loro nome: il primo sito paleolitico della provincia di Taranto, con manufatti di neandertaliani e di sapiens.