El patrono de Manfredonia es san Lorenzo Maiorano, nacido en Constantinopla hacia el 440 y fallecido en Siponto el 7 de febrero de 545, día en que todavía se le festeja: llamado por los ciudadanos sipontinos también «patrono de los Forasteros», es patrono de la ciudad junto con san Felipe Neri y la Virgen de Siponto, además de la archidiócesis de Manfredonia-Vieste-San Giovanni Rotondo. Según la tradición, se le apareció el arcángel san Miguel, pidiéndole transformar la gruta del Gargano en un «santuario celestial»: así nació el célebre santuario de San Miguel Arcángel.
Copatrona de la ciudad es Maria Santissima di Siponto, cuya memoria se festeja el 30 y 31 de agosto; desde 1973 su icono se custodia en una capilla lateral de la catedral de Manfredonia, dentro de la antigua basílica menor de Santa Maria Maggiore di Siponto, elevada a ese rango en 1977 por el cardenal Corrado Ursi en representación del papa Pablo VI. Se calcula que la procesión del 31 de agosto reúne cada año a más de 20.000 fieles, mientras que el 1 de septiembre se celebra la fiesta de san Andrés, con una sugestiva procesión de barcas en el mar.
