Troia se llama así porque un bizantino le dio el nombre de otra ciudad. Antes era Aecae, que los griegos llamaban Aika, fundada antes de las guerras púnicas y crecida bajo el imperio, cuando la via Traiana la atravesaba entre Aequum Tuticum y Herdonia; entonces se instituyó la diócesis de Eca por obra de tres obispos, Marco, Eleuterio y Secondino, y dos de ellos son todavía patronos de la ciudad. Las invasiones bárbaras la destruyeron, y el lugar renació solo en 1019 por voluntad de Basilio Boioannes, catapán bizantino de Italia, que la rebautizó Troia en recuerdo de la antigua ciudad de Anatolia; un documento en griego del mismo año dice que la ciudad nueva la fundó gente venida del condado de Ariano. Convertida en fortaleza, fue asediada más de una vez — por el emperador Enrique II en 1022, por Federico II en 1229 — porque estaba en la via Francigena. Y cuatro papas celebraron aquí un concilio: Urbano II en 1093, Pascual II en 1115, Calixto II en 1120, Honorio II en 1127.
En 1583 Giovanni di Capua vendió la ciudad a Ferrante Lombardo, conde de Gambatesa: un hombre nacido en Troia, de los más ricos del reino, expresión de la clase nueva que vivía de la banca, del comercio del grano y de la ganadería. Los de Troia no lo quisieron. Consiguieron liberarse de su control y volver al real dominio el 15 de octubre de 1585, rescatándose con una suma igual a la que Lombardo había desembolsado: casi sesenta mil ducados. En el siglo diecisiete la ciudad fue concedida de nuevo en feudo, a los d'Avalos, y en 1649 Francesco d'Avalos obtuvo de Felipe IV el título de príncipe de Troia, que duró hasta la abolición de la feudalidad. Entretanto la catedral, fundada en 1093, había tomado su rosetón de once radios, que en Italia han tenido todos en la mano: estaba impreso en el reverso de los billetes de cinco mil liras emitidos entre 1979 y 1983. Y el museo del tesoro conserva tres de los 28 rollos de Exsultet que quedan en el mundo.
