San Severino ha cambiado de altura dos veces. Abajo en el llano, junto al Potenza, estaba la romana Septempeda, que se arruinó en la alta Edad Media; entonces la gente subió a la colina llamada Monte Nero y rebautizó la ciudad con el nombre de un santo local, Severino, obispo de Septempeda a mediados del siglo sexto, del que se sabe poquísimo. Después, cuando defenderse dejó de ser necesario, el caserío volvió a bajar casi entero al fondo del valle, alrededor de la vieja plaza del mercado; y entre mediados del siglo dieciocho y principios del diecinueve se marcharon también los símbolos del poder, el ayuntamiento, la catedral y el obispado, dejando allá arriba un barrio aislado. El escudo, reconocido en 1961, representa sin embargo la fachada de la catedral vieja, la que quedó en la colina: la ciudad lleva en su escudo el edificio que abandonó.
El territorio es el más extenso de su provincia, y conserva cosas mucho más antiguas que el nombre. En Pitino las excavaciones han sacado a la luz un poblado piceno en lo alto de una colina y tres necrópolis entre el siglo séptimo y el quinto antes de Cristo; de la ciudad romana quedan murallas, termas y un horno, y algunas inscripciones hablan de un templo dedicado a Feronia, divinidad sabina a la que se consagraban los libertos. Una leyenda quería que Septempeda hubiera sido destruida por Totila durante la guerra gótica, pero los testimonios dicen que la ciudad vieja siguió viviendo durante toda la baja Edad Media, y la leyenda cae. En el siglo catorce el señorío fue de los Smeducci, capitanes de fortuna mal vistos por la población, que se rebeló más de una vez y los vio desterrar por el papa en 1426: y sin embargo fue el suyo el periodo de máximo florecimiento artístico de la ciudad. En 1586 San Severino obtuvo el título de ciudad y una diócesis, que mantuvo exactamente cuatrocientos años. Los terremotos de octubre de 2016 dejaron inhabitables muchísimas casas.