La mairie de Lagosanto se tient à zéro mètre au-dessus du niveau de la mer, et cela en fait la commune la moins élevée d'Italie ; le point le plus bas d'Italie, en revanche, est à dix-neuf kilomètres d'ici, au lieu-dit Contane, sur le territoire de Jolanda di Savoia. La commune naquit en 1013, quand la puissante abbaye de Pomposa concéda un territoire à la communauté de Lagosanto. Jusqu'aux assèchements du bas Ferrarais le village était entouré aux trois quarts par les valli, Pega, Ponti et Trebba, et sur la piazza Vittorio Veneto se dresse le monument au fiocinino, l'homme au harpon : la pêche dans les valli de Comacchio, braconnage compris, est la tradition que le village s'est choisie pour emblème.
Une partie de ces valli avait appartenu à Lagosanto, mais le rogito Giletti, passé entre la délégation française napoléonienne et Comacchio, les vendit toutes à la commune de Comacchio, qui en devint l'unique propriétaire légitime. Après la chute de Napoléon, en 1814, la communauté de Lagosanto intenta un procès, accusant Comacchio d'appropriation indue et d'avoir été favorisée par les Français. Le procès dura plus de cent ans et se conclut en 1927 par une sentence en faveur de Comacchio : Lagosanto resta dans les limites étroites où il se trouve encore, et la rivalité entre les deux villages est restée elle aussi. Depuis, le pays vit de l'agriculture ; l'Antica Fiera d'Agosto a atteint en 2023 sa 449e édition, et en 2001 a été inauguré l'Ospedale del Delta.