Le nom porte encore la marque des champs : la racine Garben, d'origine celtique, signifie gerbe d'épis, et la terminaison -ate veut dire lieu. À l'époque romaine il s'appelait Garbaniatum et se trouvait sur la route reliant Milan à Lugano en passant par Varèse. Le titre de ville lui vint tard, en 1985, mais le chapitre le plus intense de Garbagnate commence dans les années vingt, quand entre 1923 et 1930 fut construit dans le bois des Groane un immense hôpital sanatorium, soixante-quinze mille mètres carrés de pavillons aux grandes baies et terrasses, pensé pour soigner la tuberculose qui frappait alors durement les classes les plus pauvres : l'air du bois, croyait-on, faisait partie du traitement.
Ce fut justement cet hôpital qui paya le plus lourd tribut de la guerre. Dans les derniers mois de l'occupation, un groupe de médecins et d'infirmières soutint en secret les partisans de la région, et le quatre novembre 1944 nazis et fascistes firent une rafle dans l'établissement, déportant une grande partie du personnel soignant vers les camps de concentration : peu revinrent. En 1955 l'hôpital fut nommé en l'honneur de Guido Salvini, l'un des médecins morts lors de cette déportation, et en 1995, pour le cinquantième anniversaire de la Libération, un monument leur fut dédié. Aujourd'hui la commune, distincte de l'agglomération de Bollate et d'Arese, conserve près de l'ancien hôpital une héronnière protégée, colonie de hérons développée justement dans le parc de l'établissement, et appartient au parc des Groane avec vingt-sept autres communes.
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