Acqualagna sta dove il torrente Burano si getta nel Candigliano, lungo la Flaminia, appena passata la gola del Furlo. Da dove venga il nome non si sa: un'ipotesi lo fa derivare da acqua-lama, cioè acqua di pantano, per via degli acquitrini che una volta c'erano nella zona della confluenza. L'abitato nacque probabilmente attorno all'abbazia di San Vincenzo al Furlo, che aveva una cappella e un ospedale. Di quell'abbazia dell'ottavo secolo resta parecchio: ci abitarono san Romualdo nel 1011 e san Pier Damiani nel 1042; il cenobio fu indipendente fino all'undicesimo secolo, poi entrò nell'orbita di Fonte Avellana; la chiesa attuale, romanica, fu riedificata nel 1271 dall'abate Bonaventura e conserva una delle due navate primitive, una cripta a tre navate con capitelli antichi e un altare del nono secolo, oltre a resti di affreschi medievali. Lì vicino c'è anche un piccolo ponte romano. Nel 1506 papa Giulio II si fermò ad Acqualagna e ordinò la costruzione della chiesa di Santa Lucia.
Lo stemma del comune racconta invece una piccola ambizione. Il falco posato su un monte di tre cime viene dal blasone dei conti Accomanducci di Montefalcone, che dominarono il posto dal Quattrocento. Nel 1867, però, il falco fu rappresentato coronato e con una zampa che teneva uno scudetto d'argento caricato di una scala a pioli: secondo le intenzioni del Comune, quella scala doveva ricordare la famiglia dei conti Della Scala. Quando nel 1960 fu concesso lo stemma civico ufficiale, la scala era sparita e al suo posto c'era un palo scaccato d'azzurro e di rosso. Sul territorio, la villa di Colombara ha restituito i resti di una fattoria romana del secondo secolo avanti Cristo, con un ampio cortile porticato attorno a cui stavano le abitazioni e i locali per la lavorazione dei prodotti agricoli, ricostruita in età imperiale parzialmente sopra la prima; e sul monte di Pietralata c'è un castello dell'undicesimo secolo con la chiesa della Santissima Trinità ancora consacrata e una casa canonica collegata alla chiesetta da un passaggio sospeso. Nel 1901, nella frazione di Farneta, fu catturato il brigante Giuseppe Musolino. Oggi il paese si conosce soprattutto per il tartufo: la fiera nazionale si tiene tre volte l'anno, a febbraio per il nero, ad agosto per il nero d'estate e fra ottobre e novembre per il bianco.