Nel 1946, nelle campagne di questo comune, a Cartoceto, sono stati trovati i bronzi dorati: il gruppo sta oggi in un museo in città, ed è la ragione per cui la maggior parte della gente ci viene. La città, invece, è più giovane di quanto si pensi. Pergola nacque come libero comune nel 1234, e nacque apposta: Gubbio, che aveva giurisdizione su questo territorio, voleva un posto che desse lavoro e commercio alle popolazioni dei castelli lì intorno — e che nello stesso tempo togliesse terreno a Cagli, i cui possedimenti si stendevano lungo questa stessa fertile valle del Cesano. Funzionò: in pochi decenni il centro si riempì di laboratori artigianali e diventò un luogo di commercio importante, conteso dagli Sforza, dai Malatesta, dai Montefeltro e dai Della Rovere.
Una città fatta con un atto solo aveva però un interno singolare. Dentro le mura c'erano quattro parrocchie, e ognuna rispondeva a qualcun altro: Santa Maria della piazza all'abate di Sitria, San Marco all'abate di Nonantola, Sant'Andrea all'eremo di Fonte Avellana e San Biagio al vescovo di Cagli — sicché il vescovo di Gubbio, che avrebbe dovuto avere giurisdizione, ce l'aveva solo di nome. Il resto sono titoli e denaro: Benedetto XIV fece di Pergola una Città nel 1752; nel 1796 ci fu istituita una zecca, che batté moneta per tre anni; e nel 1819 Pio VII le diede una diocesi propria, unita a Cagli soltanto nella persona del vescovo, il quale era tenuto a risiedere sei mesi in un posto e sei mesi nell'altro.