Le saint patron de Nettuno est saint Roch, fêté le 16 août. Dans les années 1625-1626, les États pontificaux restaurèrent le bourg et reconstruisirent le bastion qui lui est dédié ; au début du XXe siècle, la ville se développa vers l'est avec la reconstruction de l'église San Rocco, située dans l'actuelle via Matteotti. En 1914, un grave incendie détruisit l'édifice, endommageant aussi le trône de la statue de Notre-Dame des Grâces : les Nettunais répondirent en inaugurant le nouveau sanctuaire, reconstruit par les pères passionistes, qui en demeurent aujourd'hui les gardiens. À l'intérieur, sur l'autel central, on peut admirer un retable d'Andrea Sacchi représentant la Madone de Lorette avec saint Joseph, saint Barthélemy, saint Roch et saint François.
En 1656, une épidémie de peste décima plus de mille habitants de Nettuno, entraînant la création du Monte Frumentario pour la distribution de blé aux plus pauvres. La ville conserve aussi le Forte Sangallo, construit à la demande des Borgia et confié à Antonio da Sangallo l'Ancien pour défendre les États pontificaux des raids de pillards et de pirates, ainsi que le saisissant bourg médiéval, qui se dresse probablement près de l'antique site, encore incertain, du port romain.
