Il patrono di Nettuno è san Rocco, festeggiato il 16 agosto. Nel biennio 1625-1626 lo Stato Pontificio restaurò il borgo cittadino e ricostruì il baluardo a lui dedicato; ai primi del Novecento la città si sviluppò verso levante con la ricostruzione della chiesa di San Rocco, situata in quella che oggi è via Matteotti. Nel 1914 un grave incendio distrusse l'edificio, danneggiando anche il trono della statua di Nostra Signora delle Grazie: i nettunesi risposero inaugurando il nuovo santuario, riedificato dai padri Passionisti, che tuttora ne sono i custodi. Al suo interno, sull'altare centrale, si può ammirare una pala di Andrea Sacchi raffigurante la Madonna di Loreto insieme a san Giuseppe, san Bartolomeo, san Rocco e san Francesco.
Nel 1656 un'epidemia di peste decimò oltre mille abitanti di Nettuno, portando all'istituzione del Monte Frumentario per la distribuzione del grano ai più poveri. La città conserva anche il Forte Sangallo, fatto costruire dai Borgia e affidato ad Antonio da Sangallo il Vecchio per difendere lo Stato Pontificio dagli assalti di predoni e pirati, e il suggestivo borgo medievale, che sorge probabilmente nei pressi dell'antico e ancora incerto sito del porto romano.