Lesina vive sulla laguna che porta il suo nome, e ci vive da sempre: pesce, e soprattutto anguille, che qui si cucinano ancora la vigilia di Natale. Nel 788, racconta il Chronicon Volturnense, Grimoaldo principe di Benevento donò la peschiera del lago all'abate di Montecassino; il pesce di questa laguna era famoso a Napoli, dove nel periodo di Natale arrivava in due giorni su carri tirati da cavalli, ed era così abbondante che lo si metteva sotto sale per esportarlo. Ma l'acqua ha sempre presentato il conto: terremoti, inondazioni marine e malaria hanno decimato la popolazione più di una volta. Nel settimo secolo il paese si ripopolò con i cittadini di Lucera, distrutta dall'imperatore Costante II, che si rifugiarono qui con il loro vescovo; e altra gente arrivò dalla sponda opposta dell'Adriatico, dall'isola dalmata di Lesina, che porta lo stesso nome di questo paese.
Il lago, però, per secoli non è stato dei lesinesi. Con un rogito del 6 novembre 1411 la regina Margherita, vedova di Carlo III, donò la laguna all'orfanotrofio della Casa Santa dell'Annunziata di Napoli, gestito dall'omonimo banco: per trecento anni il lago di un paese pugliese è appartenuto a un orfanotrofio napoletano. Il banco fallì nel 1717, prosciugato dai prelievi del re durante le guerre e dalle truffe dei suoi agenti, e nel 1751 la laguna fu comprata all'asta dal marchese Placido Imperiale, che a differenza di altri baroni esercitò i suoi diritti con durezza. In mezzo c'era stato il terremoto del 30 luglio 1627, seguito da un maremoto lungo tutta la costa. Una perizia del 1729 fotografa il paese: un obelisco all'ingresso con una croce di pietra bianca, la porta con l'immagine di san Primiano e sopra l'orologio, il maschio della torre, una porta sul lago per i pescatori, una taverna, un forno a legna, un mulino — e cinquecentoquarantacinque abitanti, con tutto quel pesce.