Una leggenda pagana vuole che dalle parti di Sant'Angelo, in epoca romana, ci fosse un'ara dedicata a Bacco, dove i patrizi della vicina Lupiae si davano convegno per i baccanali fra feste, danze e bagordi: da lì il luogo si sarebbe chiamato Tripudium, che è appunto la danza rituale. Lo stemma del comune, però, porta tre pozzi. Per molto tempo si è pensato che una spiegazione escludesse l'altra, e a favore della prima c'è la forma che usa il Galateo, «in triputeanam villulam», dove la radice è tri e non tre, come ci si aspetterebbe se si volessero indicare tre pozzi. Ma i tre pozzi c'erano davvero, in uno dei due nuclei urbani originari: al luogo detto Tripudio si aggiunse più tardi un secondo insediamento, quello dei pozzi, che assorbì il primo e lo fece decadere. Le due versioni non sono opposte, si integrano — e per una curiosa coincidenza Tripudium e Treputium si fondono esattamente nel nome di oggi.
La prima traccia documentale è del 1190, quando il re Tancredi, diventato conte di Lecce, assegnò tutti i casali del suo contado al vescovo di Lecce. Trepuzzi crebbe man mano che decadeva il vicino casale di Terenzano. Il feudo andò agli Acquaviva d'Aragona, conti di Conversano, e fu più volte sequestrato dal Regio Fisco per mancanza di eredi diretti, finché nel 1753 lo comprò un duca che già lo governava. La chiesa madre fu costruita nel Seicento sopra un edificio più piccolo ed era intitolata a san Pietro apostolo: è diventata la chiesa dell'Assunta soltanto dal 1792, e sull'altare maggiore ha una grande tela dell'Assunzione voluta da un sindaco del Settecento. Il 15 agosto del 2020, giorno dell'Assunta, l'arcivescovo di Lecce ha proclamato Trepuzzi Civitas Mariae, un titolo a perenne memoria di quella devozione.
