Il patrono di Milazzo è santo Stefano protomartire, festeggiato solennemente la prima domenica di settembre. A lui è consacrato il duomo nuovo, costruito su progetto dell'architetto Francesco Valenti a partire dal 1937 e aperto al culto nel 1951.
Il compatrono è san Francesco di Paola, che si festeggia la prima domenica di maggio; due giorni dopo, di solito il martedì, si celebra la Berrettella, cioè il copricapo che il santo portava spesso durante il suo soggiorno in città, fra il 1464 e il 1467. Di quel soggiorno resta anche il santuario a lui dedicato, l'unico in Sicilia, costruito per sua volontà proprio in quegli anni. Più in sordina si festeggia il protettore, san Papino martire, il 17 e il 28 giugno.
