Il patrono principale di Partanna è san Vito, festeggiato il 15 giugno. La storia del paese, dall'XI secolo, è indissolubilmente legata alla famiglia dei Grifeo, il cui castello, oggi sede del museo civico della preistoria del Basso Belice, domina ancora parte dell'abitato e della vallata circostante: un affresco nel salone principale racconta come Giovanni I Grifeo salvasse il Gran Conte durante un duello contro il condottiero arabo Mogat, episodio che compare anche sulla facciata della cattedrale di Mazara del Vallo.
Nel gennaio 1968 Partanna fu colpita duramente dal terremoto del Belice: molti edifici storici subirono danni, come la stessa chiesa madre, mentre altri, come la chiesa di San Nicola, furono completamente distrutti. Dopo il sisma sorse un nuovo quartiere in contrada Camarro, a un livello più basso rispetto alla città storica, che si trova invece in collina.
