L'abbazia di San Salvatore fu fondata nell'ottavo secolo per volontà del re longobardo Rachis, e la leggenda racconta che la decisione venne da un'apparizione: al re sarebbe apparsa la Trinità sulla cima di un albero, e attorno a quell'albero fu costruita la cripta. La scena sta ancora sullo stemma del comune. La realtà, com'è ovvio, era politica: un monastero sulle pendici dell'Amiata serviva a proteggere e a controllare i traffici lungo la via Francigena e a mettere a coltura quella parte della Tuscia longobarda, e già nel 750 il nobile Erfo, figlio del duca del Friuli, affidò al monastero fortificato il controllo feudale dei territori amiatini fino alla valle del Paglia. Nei secoli il potere dell'abbazia crebbe fino a oltrepassare l'Amiata, e attorno alle sue mura crebbe il borgo. Poi il borgo cominciò a riprendersi quello che l'abbazia aveva preso: nel 1081 i monaci scrivevano all'imperatore Enrico IV per denunciare gli Aldobrandeschi, che costruivano castelli sulle terre badenghe per usurparle, e il 14 luglio 1212 l'abate Rolando, con il documento noto come Costituto badengo, fu costretto a cedere agli abitanti terreni e diritti, fra cui quello di eleggersi i propri rappresentanti e il podestà.
Il resto è una lunga cessione. Nel 1228 papa Gregorio IX affidò il monastero ai cistercensi per rialzarlo; nel 1265 arrivò Siena e impose un atto di sottomissione, ma non tenne il controllo militare, e la valle del Paglia diventò terra di banditi — un secolo dopo ci razziava Ghino di Tacco. Nel 1278 i villaggi della valle, alcuni di origine etrusca come Callemala e Voltole, furono abbandonati e i loro abitanti trasferiti quassù, dentro le mura. Nel 1347 l'annessione a Siena fu definitiva. L'ultimo pezzo lo prese il paese: fra il 1782 e il 1784 il granduca di Toscana soppresse il monastero e privatizzò le terre dell'abbazia, che furono comprate dai capifamiglia del posto, riuniti apposta in una società chiamata Macchia Faggeta. Da questa abbazia viene il celebre Codex Amiatinus, del settimo secolo, oggi alla Biblioteca Laurenziana di Firenze; e qui fu scritta, nel 1087, la Postilla Amiatina, considerata uno dei primi documenti del volgare italiano.