La comunità è nata ai piedi del monastero dei canonici regolari agostiniani, fondato nel 1144 dai conti di Appiano con l'assistenza di Altemanno, vescovo di Trento, negli stessi anni in cui nascevano i conventi di Novacella presso Bressanone e di Santa Maria in Au presso Bolzano. Quell'edificio è ancora in uso, e da tre cose diverse insieme: la chiesa parrocchiale di San Michele Arcangelo, l'istituto agrario fondato nel 1874 — oggi Fondazione Edmund Mach, che si occupa di ricerca e formazione in campo agricolo — e il Museo degli usi e costumi della gente trentina.
Il perimetro del comune è stato disfatto e rifatto due volte. Nel 1928 furono aggregati a San Michele i territori dei soppressi comuni di Faedo e Grumo; nel 1952 Faedo tornò comune a sé; e il primo gennaio 2020 Faedo è stato di nuovo unito a San Michele, questa volta per incorporazione: novantadue anni per tornare alla stessa forma. Il sigillo tradizionale del comune raffigurava l'arcangelo Michele con la bilancia e la spada, che calpesta il diavolo. Sopra il paese sta il castello di Monreale, e i campi intorno sono fra i principali per il teroldego.
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