Este lugar se llamaba antes Wilzacara y era un bosque: en el año 825 el emperador Lotario I donó la vasta selva de Wilzacara a la abadía de Nonantola, y los monjes benedictinos la sanearon, la cultivaron y trajeron aquí el culto de san Cesario de Terracina. En 945 el marqués Berengario, después rey de Italia, destinó el territorio al cultivo y levantó un castillo, o un burgo, con muchos edificios y una capilla en honor de san Cesario, que fue tomado como patrón; las fuentes añaden otra razón de la elección, el Panaro, que separa este territorio de Spilamberto y que en el pasado era siempre impetuoso y peligroso. El nombre cambió cuando cambió el dueño: en 1112 la condesa Matilde de Canossa sustrajo la corte y la selva de Vilzacara a los monjes de Nonantola y las pasó a la iglesia local, la dedicada al mártir Cesario, y desde entonces Wilzacara desaparece poco a poco de los documentos y en su lugar queda San Cesario. Aquí cerca murió también un papa, Adriano III, mientras iba a Worms, donde el emperador Carlos el Gordo había convocado una dieta para discutir la reorganización del imperio: su cuerpo se conserva en Nonantola.
En 1446 el marqués de Ferrara Leonello d'Este elevó San Cesario a condado y concedió su jurisdicción a Albertino III Boschetti y a sus descendientes; su palacio feudal, construido en el siglo quince y transformado en villa al siglo siguiente, es hoy del municipio y alberga la biblioteca. A la torre del reloj sigue unido un tramo de las murallas que los modeneses levantaron en 1190. En la iglesia parroquial — que según algunos se alza sobre un templo pagano dedicado a Apolo, y que tiene tres naves marcadas por columnas romanas con capiteles prerrománicos — la sacristía conserva la mandíbula inferior del santo patrón, engastada en un relicario de plata del siglo diecisiete: en 1639 don Agostino da Vignola, rector de la basílica, pidió aquella reliquia al monasterio de San Pietro de Módena y la obtuvo, gracias a la mediación del conde Luigi Boschetti. El escudo, concedido en 1862, lleva un castillo derruido con un león de guardia, porque en los documentos bajomedievales el antiguo castillo de Vilzacara se llamaba Castel Leone; y la corona sobre el escudo es la que las reglas de entonces preveían para los municipios de menos de tres mil habitantes. En el polígono industrial del mismo pueblo, hoy, se construyen los automóviles Pagani.