Sur les monnaies frappées ici au troisième siècle avant Jésus-Christ la ville s'appelle Aozen, Ozan — et ce nom a été lu comme la terre de Zeus. De cette terre est sorti, datant du sixième siècle avant Jésus-Christ, un Zeus de bronze, avec la tombe peinte de la via Salentina. Une autre lecture du nom, celle de Francesco Ribezzo reprise par Antonio Nicolazzo, le fait venir d'Ausentum, d'une racine signifiant «brillant», et rappelle qu'à l'âge paléo-italique la mer Ionienne s'appelait Ausonium d'après Ausentum, comme l'Adriatique d'après Adria; une troisième histoire, plus ancienne encore, fait fonder la cité par Uxens, un homme nommé au huitième livre de l'Énéide. Vers le neuvième siècle avant Jésus-Christ des flux migratoires d'origine probablement illyrienne s'installèrent dans cette péninsule et, se fondant avec les populations locales, donnèrent naissance à la civilisation messapienne; Ugento en fut l'un des centres les plus grands et les plus puissants, une cité-État avec un atelier monétaire à elle, une armée à elle, de puissantes murailles et son propre port sur l'Ionienne, près de Torre San Giovanni.
Quand Rome arriva, Ugento fut la dernière cité messapienne à résister aux troupes romaines; c'est le consul Numerio Fabio Pittore qui la prit avec ses légions. Plus tard, dans la guerre contre Carthage, elle réessaya, s'alliant à Hannibal dans le vain espoir de reconquérir son ancienne autonomie — et elle paya cela aussi. Elle devint municipe romain, et autour d'elle furent fondés les villages qui sont encore ici des noms: Paternò, Geminiano, qui est l'actuelle Gemini, Varano, Pompignano. Les Goths la détruisirent en 545 et les Sarrasins en 842, et ce sont les moines basiliens qui la remirent debout, la rebâtissant au sommet de l'acropole: la ville prit une physionomie grecque et des murs neufs. Avec les Normands, vers 1071, l'évêché grec fut remplacé par le latin, mais les deux Églises, grecque et latine, coexistèrent pendant environ deux siècles. En 1195 Ugento fut incorporée à la principauté de Tarente; en 1537 les Turcs la saccagèrent. La dernière chose à être conquise, ici, ce fut le marais: le consortium d'assainissement institué en 1927 creusa de grands bassins reliés par des canaux débouchant en mer, combla avec les déblais les dépressions les plus profondes, reboisa en conifères une partie de ce qu'il avait gagné et cultiva le reste — et mit fin à la malaria.