El nombre de este pueblo, en dialecto, es Caḍḍiste, y viene del griego Kallístē, es decir, bellísima. La tradición oral, sin embargo, cuenta otra cosa: Alliste habría sido fundada por un grupo de refugiados huidos de Felline después de que los sarracenos la hubieran incendiado, y el nombre vendría de las alas con las que un ángel los habría envuelto durante la fuga, haciéndolos invisibles a los enemigos. Detrás de la leyenda hay cosas verdaderas: las incursiones sarracenas, frecuentes por aquí entre los siglos noveno y décimo; el culto del ángel; y el hecho de que Alliste sea más joven que Felline, que hoy es su pedanía. También Felline tiene un nombre que se explica solo: vendría del latín figlinae, los talleres donde se hacía la cerámica, y en efecto allí había un horno romano, activo hasta el siglo primero antes de Cristo. La primera vez que Alliste aparece en un documento es el 14 de septiembre de 1275, cuando Carlos I de Anjou confirmó la aldea al barón Guglielmo Pisanello.
Las calles del casco antiguo se cruzan en ángulo recto, y no es casualidad: el pueblo no creció solo, sino que nació de un plan preciso de colonización de las tierras incultas, llevado a cabo probablemente con los monjes de la abadía de la Madonna dell'Alto y con colonos griegos ya asentados en el Salento. Desde 1378 la aldea se convierte en una Terra, es decir, un lugar cerrado por murallas. Durante siglos aquí se habló y se rezó en griego: la primera parroquial estaba dedicada a san Sergio, y en su altar había todavía, en 1618, una inscripción griega. En el siglo quince, creyéndose librados de la peste por su intercesión, los de Alliste eligieron a san Quintín como patrón en lugar del bizantino san Sabino; y cuando en 1455 se inauguró la nueva iglesia, la inscripción de la fachada se escribió en dos lenguas, griego y romance. En 1585 el cardenal Alessandrini recomendó al obispo de Nardò suprimir el rito griego: para entonces aquella lengua ya casi no la entendía nadie.