Il nome di questo paese, in dialetto, è Caḍḍiste, e viene dal greco Kallístē, cioè bellissima. La tradizione orale, però, ne racconta un'altra: Alliste sarebbe stata fondata da un gruppo di profughi scappati da Felline dopo che i saraceni l'avevano incendiata, e il nome verrebbe dalle ali con cui un angelo li avrebbe avvolti durante la fuga, rendendoli invisibili ai nemici. Dietro la leggenda ci sono cose vere: le incursioni saracene, frequenti da queste parti fra il nono e il decimo secolo; il culto dell'angelo; e il fatto che Alliste sia più giovane di Felline, che oggi è la sua frazione. Anche Felline ha un nome che spiega sé stesso: verrebbe dal latino figlinae, i laboratori dove si faceva la ceramica, e in effetti lì c'era una fornace romana attiva fino al primo secolo avanti Cristo. La prima volta che Alliste compare in un documento è il 14 settembre del 1275, quando Carlo I d'Angiò confermò il casale al barone Guglielmo Pisanello.
Le strade del centro storico si incrociano ad angolo retto, e non è un caso: il paese non è cresciuto da solo, ma è nato da un preciso piano di colonizzazione delle terre incolte, condotto probabilmente con i monaci dell'abbazia della Madonna dell'Alto e con coloni greci già insediati nel Salento. Dal 1378 il casale diventa una Terra, cioè un centro chiuso da mura. Per secoli qui si parlò e si pregò in greco: la prima parrocchiale era dedicata a san Sergio, e sul suo altare nel 1618 c'era ancora un'iscrizione greca. Nel Quattrocento, credendosi liberati dalla peste per sua intercessione, gli allistini scelsero come patrono san Quintino al posto del bizantino san Sabino; e quando nel 1455 fu inaugurata la nuova chiesa, l'iscrizione sulla facciata fu scritta in due lingue, greco e volgare. Nel 1585 il cardinale Alessandrini raccomandò al vescovo di Nardò di sopprimere il rito greco: ormai quella lingua non la capiva quasi più nessuno.