Il paese sta dove la val Pusteria incontra la val Badia, di cui è il primo centro abitato. Il nome è attestato come ad Sanctum Laurentium fra il 1060 e il 1070; il «di Sebato» è invece recente e viene dalla statio romana di Sebatum, i cui resti stanno qui vicino: il comune si chiamò San Lorenzo, poi San Lorenzo in Pusteria, e prese il nome romano nel 1940. Dal 2011 quei reperti, insieme alla storia del popolo dei Saevates e della mansio romana, stanno in un museo del paese.
Verso la metà del Duecento il vescovo di Bressanone fondò Brunico, e i conti del Tirolo risposero puntando su un borgo concorrente: scelsero San Lorenzo, e lo sostennero finché non riuscirono a imporsi anche a Brunico. Fino al 1610 San Lorenzo fu anche la parrocchia di riferimento per Brunico, e la separazione di quell'anno segnò il definitivo sorpasso. Lo stemma raffigura san Lorenzo con la palma e la graticola: si usa dal Seicento, ma compare già sui sigilli nel 1271. Nel 1939 in questo territorio cominciarono a sorgere i bunker del vallo alpino: l'Italia stava fortificando il proprio confine contro un'invasione tedesca.
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Fuori da San Lorenzo di Sebato, ma a portata di gita.