Nel 1582 il Senato civico di Caltagirone cedette all'Ordine dei Minimi una piccola chiesa allora dedicata a Sant'Antonio Abate, sorta alla fine del Cinquecento lungo la via Carolina, oggi via Roma, e annessa a un convento di padri domenicani. I Minimi ampliarono l'antico edificio e lo intitolarono al proprio fondatore, San Francesco di Paola, dando origine alla chiesa che ancora porta quel nome.
La sua vicenda corre lungo la via Roma, una delle direttrici storiche della città. Il 12 dicembre 1926 l'arcivescovo di Siracusa e amministratore apostolico di Caltagirone, monsignor Giacomo Carabelli, la elevò al rango di venerabile chiesa parrocchiale, un riconoscimento che ne fissò il ruolo nella vita religiosa cittadina.